忍者世界风云录：鸣人的成长与忍界的动荡岁月
鸣人修行两年半后重返木叶村，此时砂忍村正遭受晓组织的入侵。我爱罗被晓组织的迪达拉和蝎抓走，体内的“守鹤”也被取出，导致我爱罗死亡。卡卡西小组前往砂之国解救我爱罗，与迪达拉和蝎展开激战。在此次战斗中，小樱与千代婆婆合力杀死了蝎，千代婆婆为救我爱罗牺牲。卡卡西过度使用万花筒写轮眼，受伤不轻，迪达拉受伤逃跑。
随后，大和接替受伤的卡卡西担任新队长，与鸣人、小樱、佐井一同寻找大蛇丸的老巢。鸣人与大蛇丸展开激战，佐井受命暗杀佐助未果，佐助帅气登场，实力强大，鸣人等人不敌，大蛇丸、佐助、兜逃脱，大和小组任务失败。
卡卡西与大和共同锻炼鸣人，修行新忍术。鸣人的查克拉属性为风，正在修炼连四代都无法完成的忍术——风属性＋螺旋丸。晓组织又收服了二尾和三尾。
晓组织的角都、飞段侵入火之国寻找人柱力，灭了火之寺，杀死了猿飞阿斯玛的朋友——火之国“守护忍十二士”之一的地陆。鹿丸、丁次、天天、卡卡西组成小组寻找角都、飞段报仇，鹿丸破解了飞段的诅咒之术，但体力不支。卡卡西方面情况不妙，角都实力超群，拥有5个心脏，可以使用所有四大属性的忍术。在关键时刻，鸣人、大和、小樱、佐井赶到，鸣人使用新术——风遁·螺旋手里剑打败角都，飞段被鹿丸用计炸掉。
在大蛇丸的巢穴中，佐助准备向大蛇丸痛下杀手，杀掉大蛇丸后，找到香磷、重吾、水月组成小队行动。迪达拉与阿飞回基地途中遇到佐助，迪达拉决定干掉佐助证明自己的实力，但最终以自爆与佐助同归于尽。
逃出大蛇丸基地的兜出现在鸣人面前，谈话间，兜的脸上出现了大蛇丸的样子，原来大蛇丸在临死前转生到兜的身上。纲手决定派出小队寻找佐助的下落，牙利用嗅觉找到佐助的下落，却被香磷发现。佐助分散了自己的气味，木叶小队开始分头行动。
晓组织内部，零（真名为佩恩）来到一个村子见到了与自己同级的晓成员，黑影中出现了新的晓BOSS——阿飞（宇智波斑）。独自追寻佐助气味的鸣人遇到了鼬，鸣人本欲与鼬展开战斗，却被鼬以幻术逃脱。另一边，躲避木叶在山洞中养伤的佐助终于见到了鼬，兄弟间的战斗一触即发。
自来也与纲手忆起往事，谈到了鸣人的母亲漩涡奇奈与四代水门，自来也决定独自潜入晓所在的村子。自来也成功潜入并抓住两名叛忍进行拷问，了解到了佩恩可怕的实力。佩恩发现侵入者，决定亲自去处理。自来也预感到了即将到来的大战，召唤出了九尾封印的钥匙，并让钥匙在自己出事后附身到鸣人的身上，讲明了四代水门与鸣人的父子关系，以及宇智波家族的创始人宇智波斑。
斑与木叶小队相遇并发生战斗，斑的实力让在场人都捏了把汗，卡卡西看到了斑的写轮眼，很吃惊。之后佐助与鼬按约定在宇智波家族圣地进行一对一大战，绝在一旁观战。战斗激烈，忍术幻术错综复杂，最后鼬吐血战死，死前用指头戳了一下佐助的脑门，佐助以为鼬要挖去自己的眼睛，结果吓的也倒下了。之后绝跑去通知斑，斑跟绝随即抵达佐助与鼬的战场，并把佐助带来回去，之后告诉了佐助宇智波家族的真实情况，说明了鼬是世界上最好的哥哥，他的一切都是为了佐助，死前还传授给了佐助万花筒写轮眼的能力，佐助开启另一种与众不同的万化境写轮眼，小队改名为鹰，目标是毁灭木叶。
之后自来也死亡的消息传回木叶，大家在破解遗留在老蛤蟆身上的数字密码，鸣人陷入消极，纲手也闷闷不乐。
三年修行的时间飞快地过去了，崭新的鸣人回到木叶村。小樱同样也在她的恩师纲手那里学到了了不起的忍术。但是在这喜悦的重逢背后有一个超S级的任务正等待着他们去完成。在砂忍村，我爱罗已经当上新一代风影。晓的成员迪达拉将我爱罗击败并带走。砂影面临危机，而木叶派出了救援小队。结果，在木叶众人的帮助下，“晓”中砂隐的叛忍赤砂之蝎阵亡，千代婆婆牺牲自己、救活了因失去体内的一尾而死亡的我爱罗。
完成任务后，鸣人与小樱迫于带回佐助，卡卡西班重新出动，队长由卡卡西的学弟——大和代替（卡卡西用眼过度而住院），并由“根”的一员——佐井代替佐助。遇见大蛇丸后，鸣人爆出四尾，随后小队遇见佐助并与其展开激战。由于力量相差悬殊，佐助再次从鸣人眼前扬长而去。鸣人为夺回佐助，开始接受卡卡西的新术训练。
一段时间后，晓组织中的飞段和角都成功地捕捉到了二尾人柱力，更摧毁了火之寺，猿飞阿斯玛、奈良鹿丸等四人与飞段角都交手，而阿斯玛陷入了危机中。飞段以诅咒之术杀死了阿斯玛，但因为要赶去封印二尾所以二人组离去。不久鹿丸掌握了飞段诅咒术的秘密。鹿丸为了报仇与丁次、井野决定出发寻找飞段角都，卡卡西跟随而去。就在卡卡西等人即将被杀死之时，鸣人等人赶到，鸣人最终以新术——螺旋手里剑打败角都，飞段被鹿丸用计炸掉，身葬于奈良家族墓地。鸣人的新术因会伤及自己经脉而被列为禁术。
阿飞和迪达拉登场！沉默了一段时间的晓组织二人组终于耐不住寂寞了，对手是三尾！迪达拉辅助阿飞完成了对三尾的捕捉，但阿飞依然搞笑。大蛇丸为夺取佐助的身体发动攻击。被渴望写轮眼的欲望所驱动，终于困住佐助的大蛇丸开始了谁都无法挣脱的转生仪式，当西边天空血色般的夕阳西下之时，一个时代宣告结束。
打败了大蛇丸的佐助，从水槽中放出了名为水月的男人。但是水月不接受和佐助一起来的邀请，但得知佐助曾经所属于打败再不斩的小队，对其刀的所在深感兴趣，提出得到大刀，便愿意同行的条件。为了得到再不斩曾经使用的大刀，两人前往波之国，最终水月拿到了刀，愿意效忠佐助。于是他们再次启程去找香磷。
在南秘所，由于一系列的回想，使香磷记起佐助，并非常欣赏佐助的查克拉，便一下子同意与佐助一起前行，但她似乎与水月不太对付。三人一起来到北秘所，并找到重吾。重吾最可怕的秘密就是他是咒印能力的最初拥有者，只是大蛇丸从他体内提取酵素并把咒印能力扩展到其他人身上。重吾对于咒印的掌握是最原始、也是最好的，这使得佐助一行三人遇到些许麻烦，也同时逼得佐助开了咒印与之抗衡。
忍者是不会轻易低头的，忍者的动力就是尊重！鸣人下跪请求雷影撤销对佐助的追杀令，雷影拒绝。佐助埋伏于一旁确认哪一个是团藏。忍者最高权力，五影聚集，大会即将开始。
鸣人与佐助经过一番苦战，最终用地爆天星封印了BOSS大筒木辉夜，二人共同解除了无限月读，包括真正的阿飞在内的所有剩余白绝也都随无限月读的解除而死亡，忍界重新恢复了和平。数月后，卡卡西成为第六代火影。而佐助决定离开木叶游历世界，与鸣人等人道别。
时光飞逝，在大战结束后十几年，当年的年轻忍者们已经各自成家立业，鸣人成了第七代火影，和雏田有个一儿一女，作为火之意志的继承者，守护着村子里的人们。